A máxima de que todo grande time começa por um grande goleiro, era confirmada por esse Bayern, que ostentava Oliver Kahn no gol. Na linha, a equipe era formatada em um 3-4-3, com Thomas Linke, Lothar Matthäus e Samuel Kuffour sendo os zagueiros. Markus Babbel era o lateral-direito, com Willy Sagnol também tendo atuado no setor neste período. Bixente Lizarazu e Michael Tarnat foram os laterais pelo lado canhoto. Robert Kovac Patrik Andersson Stefan Effenberg, Torsten Fink, Zé Roberto, Owen Hargreaves, Niko Kovac, Schweinsteiger, Michael Ballack e Jens Jeremies eram as principais opções para o meio nesta época. No ataque, Mario Basler, Élber e Alexander Zickler eram os titulares no ataque, com Mehmet Scholl, Carsten Jancker, Paulo Sérgio, Salihamidžić, Roque Santa Cruz e Claudio Pizarro como alternativas. O treinador da equipe foi Ottmar Hitzfeld, um dos maiores, se não o maior da história do Bayern. Ele sempre teve o elenco nas mãos, e tirou o máximo dele. Ao todo, conquistou 14 títulos em duas passagens pelo Bayern, a primeira entre 1998 e 2004, e a segunda em 2007-2008, sempre obtendo um aproveitamento fantástico.
Ao todo, o Bayern conquistou nesta época o Mundial Interclubes de 2001, a Liga dos Campeões 2000-2001, quatro títulos da Bundesliga (1998-1999, 1999-2000, 2000-2001 e 2002-2003), e ainda levantou três vezes a Pokal Cup (1999-2000 e 2002-2003), e três vezes a taça da Copa da Liga Alemã (1998, 1999 e 2000). O curioso, é que este grande período de sucesso do Gigante da Baviera, teve um grande trauma. No dia 26 de maio de 1999, o Bayern derrotava o Manchester United, na decisão da Liga dos Campeões da UEFA, jogada no Camp Nou, por 1 a 0, até os 45 minutos do segundo tempo. A torcida alemã já comemorava, e o Bayern estava conquistando sua quarta Liga dos Campeões da história. Contudo, nos acréscimos, o Manchester United empatou, e com Solskjaer virou, ficando com a taça. Os jogadores do Bayern não acreditavam no que ocorria, e a torcida, chorava em cada canto da Europa.
Não eram tempos fáceis. O Bayern tinha acabado de retomar o título da Bundesliga, e antes via o Borussia Dortmund acumular conquistas, inclusive sendo o primeiro clube a Liga dos Campeões da UEFA na era moderna, pós-1992. Além disto, o esquadrão aurinegro também levantou um caneco do Mundial Interclubes. O técnico Ottmar Hitzfeld, liderou este Borussia histórico, e na sequência foi para o Bayern, em 1998. Sua missão na Baviera era reformular o elenco campeão da Copa da UEFA 1995-1996, que já contava com Oliver Kahn, Babbel, Matthäus e Mehmet Scholl, por exemplo. Fora se unindo à eles reforços como o bósnio Salihamidžić, os alemães Jeremies, Effenberg e Linke, e coadjuvantes como Lizarazu, Tarnat, Kuffour, Jancker, Basler e o brasileiro Giovane Élber.
Hitzfeld seguiria com o seu sistema de três zagueiros no Bayern, dando liberdade para Matthäus. No meio campo, Jeremies era o principal marcador, e Effenberg, o principal criador de jogadas. Nas temporadas seguintes, mais reforços foram chegando. O Bayern começou a temporada 2000-2001 já muito forte, mesmo com a ida do supracitado Markus Babbel para o Liverpool, e a chegada do francês Willy Sagnol. Na primeira fase de grupos da Champions, o time superou Paris Saint-Germain (França), Rosenborg (Noruega) e Helsingborg (Suécia). Conseguiu uma vitória sobre cada um destes, e só perdeu para o PSG, em Paris, por 1 a 0. Na segunda fase de grupos, passou por Arsenal (Inglaterra), Spartak Moscou (Rússia) e Lyon (França). Venceu os russos duas vezes, ganhou uma vez do Arsenal e empatou em outra ocasião, e contra o Lyon, venceu por 1 a 0, em casa, e perdeu por 3 a 0, fora, fechando a sua participação na liderança, com 13 pontos.
Nas quartas-de-final, o desafio seria o forte Manchester United, algoz na traumática final de 1999. No jogo de ida, em Old Trafford, o Bayern venceu por 1 a 0, com um gol de Paulo Sérgio. Na volta, em Munique venceu por 2 a 1, com gols de Elber e Scholl (Giggs fez o tento do United). Na semifinal, o Bayern encarou o Real Madrid, algoz da equipe, exatamente na semifinal da temporada anterior. Na partida de ida, disputada em Madrid, o Bayern venceu por 1 a 0, com gol de Élber. No jogo da volta, o próprio Élber, e Jeremies fizeram os gols da vitória bávara por 2 a 1, com Figo, fazendo o tento merengue. O Bayern estava em mais uma final de Champions, onde iria encarar, outro clube espanhol, o Valencia.
A final da UEFA Champions League 2000-2001, ocorreu no dia 23 de maio de 2001, em um San Siro, em Milão, lotado com mais de 71 mil espectadores. O Valencia, havia sido vice-campeão europeu na temporada anterior, perdendo na final para o Real Madrid por 3 a 0. A equipe era treinada pelo grande Héctor Cúper, treinador argentino que tinha a sua disposição nomes como o goleiro Cañizares, o zagueiro Ayala, e os meias Mendieta e Aymar. Já o Bayern, era o vice-campeão da temporada retrasada. As duas equipes queriam sair do quase. Mendieta, cobrando penalidade máxima, chegou a abrir o placar para o Valencia no comecinho do jogo. Mas, no segundo tempo, Effenberg deixou tudo igual O jogo foi para as penalidades, onde a estrela de Kahm brilhou, e o Bayern venceu por 5 a 4, quebrando o jejum de 25 anos sem conquistas de Liga dos Campeões
Na Bundesliga 2000-2001, o Bayern tentava o tricampeonato consecutivo. O Schalke liderou boa parte da disputa, mas na 33ª rodada, perdeu para o Sttutgart por 1 a 0, sofrendo este gol no último minuto, e dando a chance para o Bayern assumir a ponta. O Schalke não era campeão alemão há 31 anos. A última rodada desta Bundesliga ocorreu no dia 19 de maio de 2001, e seria tensa. O Schalke chegou a estar levando 2 a 0, em casa, do Unterhaching, mas virou para 5 a 3. Contudo, o Bayern, que perdia para o Hamburgo por 1 a 0 até os 45 minutos do 2º tempo. Contudo, nos acréscimos, o zagueiro sueco Andersson conseguiu empatar, dando mais uma salva de prata para o Gigante da Baviera. O tempo extra, cruel dois anos antes, era amigo do Bayern desta vez. Este título da Bundesliga entrou para a história.
Na decisão do Mundial Interclubes, disputada em Tóquio, no Japão, no dia 27 de novembro de 2001, o Bayern de Munique derrotou o Boca Juniors, bicampeão da Copa Libertadores e então campeão mundial, após bater o Real Madrid em 2000, e ficou com a taça. O triunfo por 1 a 0, sobre o time de Riquelme, Schelotto e Delgado, veio com um gol do defensor ganês Kuffour, já na prorrogação. Encerrando um 2001 dos sonhos, o time não teria a mesma sorte em 2002. Eliminado na Liga dos Campeões e nas Copas locais, viu o Borussia Dortmund ser campeão da Bundesliga. Retomou a conquista nacional na temporada 2002-2003, mas aos poucos foi perdendo peças. Em 2004, Ottmar Hitzfeld deixou o comando técnico da equipe, que foi se remontando aos poucos, para voltar a ser uma potência continental na década seguinte, com Jupp Heynckes e Pep Guardiola.
Time-base: Oliver Kahn; Thomas Linke (Patrik Andersson), Lothar Matthäus e Samuel Kuffour; Babbel (Willy Sagnol), Jeremies(Owen Hargreaves), Stefan Effenberg e Bixente Lizarazu; Mario Basler, Élber e Alexander Zickler (Hasan Salihamidžić, Mehmet Scholl). Técnico: Ottmar Hitzfeld.
Na decisão do Mundial Interclubes, disputada em Tóquio, no Japão, no dia 27 de novembro de 2001, o Bayern de Munique derrotou o Boca Juniors, bicampeão da Copa Libertadores e então campeão mundial, após bater o Real Madrid em 2000, e ficou com a taça. O triunfo por 1 a 0, sobre o time de Riquelme, Schelotto e Delgado, veio com um gol do defensor ganês Kuffour, já na prorrogação. Encerrando um 2001 dos sonhos, o time não teria a mesma sorte em 2002. Eliminado na Liga dos Campeões e nas Copas locais, viu o Borussia Dortmund ser campeão da Bundesliga. Retomou a conquista nacional na temporada 2002-2003, mas aos poucos foi perdendo peças. Em 2004, Ottmar Hitzfeld deixou o comando técnico da equipe, que foi se remontando aos poucos, para voltar a ser uma potência continental na década seguinte, com Jupp Heynckes e Pep Guardiola.
Time-base: Oliver Kahn; Thomas Linke (Patrik Andersson), Lothar Matthäus e Samuel Kuffour; Babbel (Willy Sagnol), Jeremies(Owen Hargreaves), Stefan Effenberg e Bixente Lizarazu; Mario Basler, Élber e Alexander Zickler (Hasan Salihamidžić, Mehmet Scholl). Técnico: Ottmar Hitzfeld.
