Entre a segunda metade da década de 90, e o começo dos anos 2000, o Deportivo La Coruña montou diversos timaços, contando inclusive com o talento brasileiro, presente nas figuras de Djalminha, Flávio Conceição, Mauro Silva, Rivaldo e Donato.
O clube já havia deixado escapar por pouco o título espanhol da temporada 1993-1994, sendo vice-campeão também na temporada seguinte, quando conquistou pela primeira vez em sua história a Copa do Rei. O projeto do presidente Augusto César Lendoiro, no entanto, era ousado, e as façanhas não pararam por aí. O Depor seguia se reforçando, e foi buscar Javier Irureta para comandar a equipe na temporada 1998-1999.
Junto com o treinador, vieram bons reforços, como o zagueiro Manuel Pablo, o lateral Enrique Romero e o centroavante Pauleta. O sexto lugar no Campeonato espanhol não foi tão animador assim, do mesmo jeito que a eliminação nas semifinais da Copa do Rei também foi frustrante. Contudo, o time mostrou seu poder nas goleadas sobre o Real Madrid por 4 a 0, e no 2 a 1 sobre o campeão Barcelona.
Aos poucos, o projeto foi amadurecendo, e a temporada 1999-2000 era a da consagração. Mesmo sem Rivaldo, que já havia ido jogar no Barcelona, os demais brasileiros supracitados estavam presentes, assim como outros remanescentes do time de 1994, como o goleiro camaronês Songo´o e o zagueiro marroquino Naybet. Se juntaram a esta base já forte, reforços como o volante Slavisa Jokanovic, o meia Víctor Sánchez e o atacante Roy Makaay, todos capazes de agregar muita qualidade.
Makaay se tornou o grande artilheiro, de um time que encantava. Sua capacidade de colocar a bola nas redes era ímpar, sob tudo quando era bem assistido, como acontecia no Depor. Assim, ele marcou 22 gols em 36 jogos do Campeonato espanhol 1999-2000. Atrás dele, atuava o gênio Djalminha, solto para criar e chegar na área. O meia era capaz de desequilibrar uma partida como poucos.
Fran, outro jogador de talento inegável, atuava pela esquerda, enquanto Víctor Sanchez jogava pelo lado direito. Pauleta e Turu Flores eram possibilidades para alterar o esquema para o 4-4-2. Jokanovic acabou sendo o reserva dos cães de guarda Mauro Silva e Flavio Conceição. Donato e Naybet formavam uma zaga muito sólida, em uma defesa que sofria poucos gols. Nas laterais, Manuel Pablo e Enrique Romero eram bastante contidos nas descidas ao ataque, enquanto Songo´o confirmava a máxima de que um grande time começa por um grande goleiro. Estava montado assim o Super Depor, uma equipe preparada para fazer história.
O Deportivo La Coruña iniciou a disputa do Campeonato espanhol da temporada 1999-2000 com uma goleada de 4 a 1 sobre o Alavés, contando com três gols de Makaay e um de Djalminha. Na 6ª rodada, o time deu a primeira grande mostra de poder ao derrotar o Athletic Bilbao no País Basco por 3 a 2, com gols de Pauleta, Flávio Conceição e Víctor.
Contudo, os galegos meio que desandaram e não tiveram um bom rendimento neste começo de competição. O bom futebol só foi retomado após a vitória sobre o Barcelona de Rivaldo por 2 a 1 no Riazor. Uma boa sequência de vitórias consecutivas levou o time à liderança, dando mostras, que poderia ser o campeão.
O Super Depor chegou a abrir oito pontos de vantagem na liderança, faltando três rodadas para o fim do primeiro turno. Barcelona e Real Madrid não estavam em seu melhor momento, e Celta e Zaragoza pareciam ser as maiores ameaças aos galegos, que na virada do ano tiveram uma pequena queda de rendimento, e viram a sua posição na ponta ameaçada.
A confiança só foi retomada na 23ª rodada, quando o Depor enfiou um sonoro 5 a 2 no Real Madrid, com show de Djalminha. O estádio Riazor ia se tornando uma fortaleza com o passar das rodadas, e o Depor era temido em sua casa por qualquer equipe. Nas 30 primeiras rodadas da Liga, o time ganhou todos os seus jogos em casa. O único problema, é que perdia todas as suas partidas fora. E foi justamente uma derrota fora de casa que dificultou as coisas para os branquiazules. O time foi derrotado por 2 a 1 pelo Barcelona no Camp Nou, e viu uma perigosa aproximação blaugrana, que para a sorte galícia, não teve sequência nas rodadas seguintes.
O Deportivo chegou à última rodada precisando apenas de um empate para ficar com o título nacional. E fez mais do que isto. A vitória sobre o Espanyol por 2 a 0, com gols de Donato e Makaay, consumou a taça histórica, levando o clube à 69 pontos, contra 65 de Barcelona e Valencia, que terminaram, respectivamente, na segunda e terceira colocação. O Real Madrid foi só o quinto, ficando atrás também do Zaragoza.
Futuramente, com muito desta base, o Depor ainda conquistaria uma Copa do Rei, duas Supercopas da Espanha e dois vice-campeonatos nacionais entre 2000 e 2002. Na temporada 2000-20001, acabou eliminado nas quartas de final da Liga dos Campeões pelo Leeds, após um excelente começo de temporada. Em 2000-2001, foi o Manchester United quem tirou os galegos do torneio.
A partir de 2002, o elenco campeão do Super Depor foi sendo desmontado. Uma venda simbólica, foi a ida do histórico Makaay e seus gols para o Bayern de Munique. Na temporada 2003-2004, o Deportivo alcançaria as semifinais da UEFA Champions League, naquele que seria o canto do cisne de um grande time. O Depor eliminou o Milan nas quartas de final, com um 4 a 0 na Espanha, após perder por 4 a 1 no jogo de ida na Itália. A eliminação para o Porto nas semifinais foi o último ato do clube em um grande cenário. A agremiação foi perdendo força, e aos poucos passou mais a lutar contra o rebaixamento, do que sonhar com algo grande na Liga espanhola.
Time-base: Jacques Songo'o; Manuel Pablo, Naybet, Donato, Romero; Mauro Silva, Flávio Conceição; Victor, Djalminha, Fran; Makaay. Técnico: Javier Irureta.
